คณะเศรษฐศาสตร์และบริหารธุรกิจ มหาวิทยาลัยทักษิณ เป็นสถาบันอุดมศึกษาแห่งแรกในพื้นที่ภาคใต้ที่เปิดสอนหลักสูตรเศรษฐศาสตร์บัณฑิต (ศ.บ.) ในปี พ.ศ. 2523   และเปิดสอนหลักสูตรบริหารธุรกิจบัณฑิต (บธ.บ.) สาขาการบัญชีและสาขาการตลาดแบบหลักสูตรต่อเนื่อง 2 ปี ซึ่งในขณะนั้นสังกัดภาควิชาเศรษฐศาสตร์ และภาควิชาบริหารธุรกิจ คณะสังคมศาสตร์ มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ภาคใต้

ต่อมา ในวันที่ 1 พฤศจิกายน 2539  มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ วิทยาเขตภาคใต้ ได้รับการยกฐานะเป็นมหาวิทยาลัยทักษิณ  ได้รวมภาควิชาเศรษฐศาสตร์และภาควิชาบริหารธุรกิจเข้าด้วยกัน  และจัดตั้งเป็นภาควิชาเศรษฐศาสตร์และบริหารธุรกิจ สังกัดคณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์

ต่อมาสภามหาวิทยาลัย ในการประชุมครั้งที่ 5/2546 วันที่ 20 กันยายน 2546 ได้อนุมัติให้จัดตั้งคณะเศรษฐศาสตร์และบริหารธุรกิจ เป็นหน่วยงานราชการภายในมหาวิทยาลัยทักษิณ